Per risolvere i crash riscontrati da cydia, sia al momento dell'inserimento di nuove fonti, sia quelli precedenti è necessario utilizzare un software per accedere dentro l'iphone(iphone explorer è perfetto) e eliminare i file contenuti dentro le seguenti directory(riporto direttamente il testo trovato sui forum):

private/var/lib/apt/list

And delete all files except the partial folder, and then delete the contents of the partial folder too (Do not delete the partial folder itself).

Then goto:

private/var/lib/cydia

And delete the 'metadata'.plist'

Sulla versione 3.1.3 mi è bastato cancellare il file metadata e alcune fonti dentro etc/apt/sources.list.d